簡單的表達。 
MyISAM 是非事務的存儲引擎。 
innodb是支持事務的存儲引擎。 
 
innodb的引擎比較適合于插入和更新操作比較多的應用 
而MyISAM 則適合用于頻繁查詢的應用 
 
MyISAM --表鎖。 

innodb--設計合理的話是行鎖。 
MyISAM 不會出現死鎖。 
 
最大的區別就是MYISAM適合小數據，小并發；INNODB 適合大數據，大并發。最大的區別就是在鎖的級別上。 
 
MyISAM類型不支持事務處理等高級處理，而InnoDB類型支持。 MyISAM類型的表強調的是性能，其執行數度比InnoDB類型更快，但是不提供事務支持，而InnoDB提供事務支持已經外部鍵等高級數據庫功能。綜述，就可以根據數據表不同的用處是用不同的存儲類型。而且MyISAM是文件存儲的，可以進行直接在不同操作系統間拷貝使用。  

InnoDB： 

InnoDB 給 MySQL 提供了具有事務(commit)、回滾(rollback)和崩潰修復能力(crash recovery capabilities)的事務安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。InnoDB 提供了行鎖(locking on row level)，提供與 Oracle 類型一致的不加鎖讀取(non-locking read in SELECTs)。這些特性均提高了多用戶并發操作的性能表現。在InnoDB表中不需要擴大鎖定(lock escalation)，因為 InnoDB 的列鎖定(row level locks)適宜非常小的空間。InnoDB 是 MySQL 上第一個提供外鍵約束(FOREIGN KEY constraints)的表引擎。InnoDB 的設計目標是處理大容量數據庫系統，它的 CPU 利用率是其它基于磁盤的關系數據庫引擎所不能比的。在技術上，InnoDB 是一套放在 MySQL 后臺的完整數據庫系統，InnoDB 在主內存中建立其專用的緩沖池用于高速緩沖數據和索引。 InnoDB 把數據和索引存放在表空間里，可能包含多個文件，這與其它的不一樣，舉例來說，在 MyISAM 中，表被存放在單獨的文件中。InnoDB 表的大小只受限于操作系統的文件大小，一般為 2 GB。InnoDB所有的表都保存在同一個數據文件 ibdata1 中（也可能是多個文件，或者是獨立的表空間文件），相對來說比較不好備份，可以拷貝文件或用navicat for mysql。  

MyISAM 

每張MyISAM 表被存放在三個文件 ：frm 文件存放表格定義。 數據文件是MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex) 引伸。 
因為MyISAM相對簡單所以在效率上要優于InnoDB，小型應用使用MyISAM是不錯的選擇。 
MyISAM表是保存成文件的形式,在跨平臺的數據轉移中使用MyISAM存儲會省去不少的麻煩

以下是一些細節和具體實現的差別：

1.InnoDB不支持FULLTEXT類型的索引。
2.InnoDB 中不保存表的具體行數，也就是說，執行select count(*) from table時，InnoDB要掃描一遍整個表來計算有多少行，但是MyISAM只要簡單的讀出保存好的行數即可。注意的是，當count(*)語句包含 where條件時，兩種表的操作是一樣的。
3.對于AUTO_INCREMENT類型的字段，InnoDB中必須包含只有該字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立聯合索引。
4.DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除。
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作對InnoDB是不起作用的，解決方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，導入數據后再改成InnoDB表，但是對于使用的額外的InnoDB特性（例如外鍵）的表不適用。